近岸蛋白CUT&Tag、ATAC-seq产品再登Cell，助力清华大学李寅青/李丕龙团队揭示基因表达“保温杯”转录因子
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2024年4月16日，清华大学药学院李寅青团队与清华大学生命科学学院李丕龙团队合作，在Cell上发表了题为：Dual-Role Transcription Factors Stabilize Intermediate Expression Levels 的研究论文。
该研究开发了一种名为Assay for Chromatin-bound Condensates by exploratory Sequencing（ACC-Seq）的全基因组范围内检测凝聚体分布的技术。通过ACC-Seq，研究团队鉴定了一类独特的双效应转录因子（dual-action TFs）。这类转录因子通过形成转录凝聚体，能在抑制基因高表达的同时激活沉默状态的基因，从而将基因表达水平“保温”在特定的活化程度。
图1 ACC-seq设计原理图
ACC-Seq技术是基于以下原理：在基因组中，那些没有凝聚体结合的区域，即使经过1,6-己二醇处理，其染色质可及性（由ATAC-seq评估）也基本保持稳定。然而，在凝聚体结合的区域，由于1,6-己二醇破坏了凝聚体，染色质的可及性会发生变化。通过对这些变化进行对比分析，能够识别出基因组中哪些位置被转录凝聚体占据。
实验中使用了ATAC-seq实验方案（目录号：N248）验证1,6-己二醇处理前后染色质可及性的变化情况，通过变化进行对比分析，能够识别出基因组中哪些位置被转录凝聚体占据。
图2. IGV轨迹显示ACC-seq集群具有代表性的ACC-seq、RNA-seq和GRO-seq强度。左:十六进制释放的可访问区域;右:一致的可访问区域。
实验中利用CUT&Tag技术验证，通过dCas9-6xMCP系统播种双作用靶位点后，高表达靶基因MED1在富集位点信号降低，表明dCas9-6xMCP系统稳定发挥了其作用。
上图:通过dCas9-6xMCP系统播种双作用tf后，IGV轨迹显示高表达靶基因MED1 ChIP-seq信号降低。
下图:IGV轨迹显示MED1 ChIP-seq信号在非靶区。
综上所述，这项研究揭示了一类具有相分离能力的dual-action TFs，它们通过选择性地招募转录核心组件，实现其独特的双效转录调节功能。这些发现不仅为探索相分离现象与转录调控之间的联系提供了新的理解，也为中等水平的基因表达及其维持机制提出了新的见解。
近岸蛋白提供CUT&Tag试剂盒—NovoNGS CUT&Tag 4.0 High-Sensitivity Kit (for Illumina )(Cat. No.:N259-YH01)及ATAC-seq实验方案（High-Sensitivity Open Chromatin Profile Kit 2.0 (for Illumina )(Cat. No.:N248) ），试剂盒中含有完整实验流程所需试剂，一盒即可完成实验，方便快捷，并且针对转录因子等弱结合位点，近岸蛋白CUT&Tag 4.0提供高浓度甲醛交联方案解决转录因子不好做的问题，真正做到“一盒”搞定实验！
来源：近岸蛋白官微
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